دو سال پس از رویدادهای کهکشان اکسپرس ۹۹۹، زمین به یک میدان جنگ تبدیل شده است و تتسورو احضار می‌شود تا بار دیگر سوار بر قطار سه-نه شود. در این پایان سینمایی، تکان‌دهنده و بلند برای داستان حماسی لیجی ماتسوموتو، به همه پرسش‌ها پاسخ داده خواهد شد و همه رازها فاش می‌شوند؛ چرا که تتسورو سفری را آغاز می‌کند که رازی چنان هولناک را آشکار می‌سازد که حتی خود مایتل نیز به سختی می‌تواند درباره آن صحبت کند.